Windows - коммерческая система, которая "думает за вас" (пытается, вернее). Как результат - страдает идеотизмом, и тормозизмом, так как реальные нужды пользователя часто не соответствуют представлениям о них компании Microsoft. Отличается огромным количеством (это моё личное мнение - не обижайтесь) бездарного дорогого софта, который делает слишком много того, что вам юзеру не надо, который жрёт слишком много памяти, и рабогтает слишком медленно. Как пример - я не нашёл способа убить во втором сервис паке WinXP антивирус - который мне нафиг не был нужен из-за отсутствия сети, а также раздражающий меня значок в системном трее. (К слову каждый значок - кушает три метра памяти. Включенный "современный" интерфейс - ещё 100. Второй Сервис пак - сжирает 256 мегабайт оперативной памяти, и делает невозможной работу на машине 900Mhz 256 RAM. Занимает бешеное количество места на диске - под XP нужно минимум 6 гигабайт (для нормальной работы - это если ничего не ставить). А VisualStudio мне вообще напоминает мне слонёнка, который поселился у меня на винчестере - 1.5 гигабайт. Софт страдает идиотизмом, который ярко проявляется в примерах из DirectX SDK, которые довольно труддно понятны, так как вводят дополнительные классы и понятия, которыми разработчики пользуются для облегчения себе жизни при написании примеров (Пример - CSoundManager, CWaveFile). Это минусы. Плюсы - На нижнем уровне (о котором мало кто догадывается) находится WinAPi - очень крутая вещь. Если чуть-чуть помучить компилятор, и убить 40 колбайт кода стандартной библиотеки, который вам никогда не понадобится, минимальное приложение (без окна) =- занимает 855 байт в RAR архиве. Приложение с окном будет весить где-то 4..5 килобайт без запаковывания. Вывод - хорошая задумка, плохое воплощение её в жизнь. Идеальный вариант, если вам лень разбираться, как компьютерработает, и если есть деньги на покупку нового железа. Это о Windows.
Linux - В отличие от Windows каждая программа может быть переделана под нужды пользователя, включая ядро системы. Как результат - это сверхполезная библиотека кода на все случаи жизни, и невероятно гибкий рабочий инструмент на все случаи жизни. К Linux можно подключить ВСЁ - начиная от NTFS дисков, кончая SEGA джойстиками. Происходит от UNIX(не совсем верно - он полностью UNIX-совместим, но не является прямым потомком), который значительно старше Windows (Windows - 85 год, Unix - 76й). Невероятная гибкость имеет один БОЛЬШОЙ минус - КРАЙНЕ желательны знания и навыки программирования (сейчас это меняется, но всё-таки) и знания английского языка. Содержит ТОННЫ документации, которая превосходит любую Windows-справку. (попробуй "man mount") Занимает меньше места (у меня линух съел где-то 2..3 гига при установке, но его можно было бы потратить ещё меньше, если бы я не жадничал) Всё, что нужно, можно переписать, любой компонент можно переделать. Минус -требуется НАААМНОГО больше времени, чтобы хорошо с ним разобраться. К примеру - перекомпиляция ядра требует ответа на 2..3 тысячи вопросов, некорректный ответ, например, на необходимость поддержки файловой системы ext3, может привести к проблемам при перезагрузке, так как система не увидет диск.
(Кстати, Большую часть Windows программ на нём можно запустить спец софтом)
Вывод - система для программиста, администратора, или человека, который хочет быть полновластным хозяином своей машины и не гнаться за новым железом. Минус - намного сложнее для изучения. (Хотя на Windows может работать обезъяна (доказано на практике) )